سطح 3 مرکز آموزش تخصصی شیعه شناسی هم زمان با افتتاح مرکز یعنی سال تحصیلی 88-1387 در محل کنونی مرکز (قم-خیابان صفاییه-کوچه آمار-مدرسه امام حسین(ع)) فعالیت خود را آغاز نموده و با فراخوانی از برادران طلبه ای که سطح2 حوزه را به اتمام رسانده اند ثبت نام به صورت حضوری توسط مرکز انجام گرفت و قریب به 200 نفر ثبت نام نموده و با بیش از 100نفر آزمون کتبی برگزار گردید.
سپس مصاحبه علمی و نهایتا تعداد 45نفر پذیرفته شدند و همین منوال تا هم اکنون ادامه داشته و هر سال بین 30 تا 35 نفر پذیرش می شوند و تنها تغییری که بوجود آمده این است که از سال 1391 به بعد تنها ثبت نام و آزمون ورودی کتبی توسط معاونت آموزش حوزه های علمیه انجام می پذیرد و بقیه مراحل پذیرش به همان منوال سابق ادامه دارد.