سطح 3 مرکز آموزش تخصصی شیعه شناسی هم زمان با افتتاح مرکز یعنی سال تحصیلی 88-1387 در محل سابق مرکز (قم-خیابان صفاییه-کوچه آمار-مدرسه امام حسین(ع)) فعالیت خود را آغاز نموده و مرکز با فراخوانی از برادران طلبه ای که سطح 2 حوزه را به اتمام رسانده اند ثبت نام به صورت حضوری پذیرش و ثبت نام به عمل آورد که از ۲۰۰ نفر و برگزاری آزمون کتبی برای ۱۰۰ نفر و در نهایت حدود ۵۰ نفر پذیرفته شدند و همین منوال تا هم اکنون ادامه داشته و هر سال بین ۳۰ تا ۳۵ نفر از بین معرفی شدگان از طرف حوزه پس از موفقیت در مصاحبه علمی پذیرش نهایی می شوند. تنها تغییری که بوجود آمده در پذیرش مرحله اول است که از سال ۱۳۹۱ تا هم اکنون توسط معاونت آموزش حوزه های علمیه به صورت احتساب معدل نمره بعضی از دوروس مقطع ۱ و ۲ انجام می پذیرد.
مرحله دوم پذیرش که انجام مصاحبه علمی باشد به همان منوال سابق ادامه دارد و شیوه تحصیل در سطح ۳ مانند سطح ۴ و کوتاه مدت به صورت حضوری است که بدون احتساب زمان مرخصی و پایان نامه ۳ سال به طول می انجامد.
مرکز در این سطح تا سال تحصیلی 96-97 ده دوره پذیرش داشته و ۸ دوره فارغ التحصیل شده اند و دو دوره در حال تحصیل می باشند و دوره یازدهم برای سال تحصیلی 97-98 نیز پذیرش شده اند. مجموع شیعه پژوهان از بدو تاسیس این سطح به ۳۲۰ نفر می رسند که ۵۱ نفر به عنوان فارغ التحصیل از پایان نامه خود دفاع نموده و بعضا وارد سطح ۴ شده و مشغول ادامه تحصیل می باشند.